מראשית ימיה הייתה עמונה מאחז בלתי מורשה, אשר עלה על הקרקע באוגוסט 1995 בסמוך ליישוב עפרה. הקרקעות, שעליהן הוקם היישוב, היו בבעלות פרטית של תושבים פלסטינים מקומיים. בשנת 1996 הוצבו במקום שלושה קרוואנים, שאוכלסו על־ידי מתנחלים. עם הזמן הצטרפו למאחז עוד ועוד משפחות, ולקראת סוף שנת 2005 חיו בעמונה כשלושים משפחות על שטח של כ־400 דונם.

בפברואר 2006, פונו ונהרסו בעמונה תשעה מבני קבע לא חוקיים, לאחר שכוחות משטרה הרחיקו אלפי מפגינים שהתבצרו במקום. בשנת 2008, עתרו כמה מבעלי הקרקע הפלסטינים לבג"ץ בטענה שהיישוב כולו בנוי על קרקע לא לו. בסוף שנת 2014 פסק בג״ץ, שיש לפנות את המאחז כולו בתוך שנתיים.

בתחילת 2015 גרו ביישוב כחמישים משפחות, והוא היה המאחז הגדול ביותר ביהודה ושומרון. תנועת ההתיישבות יצאה במסע תקשורתי רחב במטרה לבטל את פסיקת בג״ץ, אולם לאחר דחיות חוזרות ונשנות הוחלט על פינוי המאחז בחורף 2017. שוב הגיעו למקום מאות בני נוער והתבצרו בו. מראות ההתנתקות בעזה חזרו, אבל המחאה לא הועילה. ב־ 1 בפברואר פונה היישוב מתושביו ופורק לאחר ימים אחדים.