כפר דרום פונה מתושביו במהלך ה-18 באוגוסט 2005, ובתיו נהרסו מאוחר יותר. תושבי כפר דרום התנגדו נחרצות לתוכנית הפינוי. על גג בית הכנסת של היישוב התבצרו כ-250 בני אדם, פינוי בית הכנסת היה מלווה בעימותים אלימים בין המתבצרים לבין כוחות המשטרה וצה"ל.